El 15 de diciembre de 1981 el Ministerio de Justicia crea el Fondo de Investigación Agropecuaria, con el objetivo de promocionar y fomentar la investigación agrícola, pecuaria, forestal y acuícola a través del financiamiento total o parcial de proyectos de investigación; para promover la transformación de la agricultura y de la economía rural. Así, sobre la base jurídica inicial de este fondo, el Ministerio de Agricultura concibió una institucionalidad que apoyara la innovación agraria en Chile.

Luego de una modificación a sus estatutos que recogió los cambios que ya se venían impulsando, se otorgó a FIA la denominación de Fundación para la Innovación Agraria, siendo publicada en el diario oficial el 16 de noviembre de 1996.

Los primeros años, estuvieron dedicados al trabajo de colaboración respecto a la reconversión de los campos, la producción de carne, el desarrollo de la fruticultura y apoyo a la conformación de consorcios agrícolas.

Gracias al desarrollo de algunos programas y proyectos, FIA ha contribuido al surgimiento de rubros como el olivícola, de camélidos, de ovejas lecheras, frutales de nuez como el avellano europeo, pistacho y macadamia. También destacan el cultivo de las frutillas de Chanco, los bulbos de flores, berries, kiwi, vides y viñas, entre otros. Sectores que hoy posicionan a Chile como el principal productor y exportador de dichos rubros.

Otra de las áreas de trabajo ha estado vinculada a la elaboración y publicación de estudios prospectivos que establecen los lineamientos futuros para el sector, respondiendo a los desafíos que enfrenta la agricultura a través de la innovación con una mirada a largo plazo.

En esa labor, también ha sido fundamental potenciar la innovación en los más jóvenes, es así como el año 2015 se creó SaviaLab, iniciativa que busca generar oportunidades de innovación y el emprendimiento a nivel escolar. Asimismo, se han desarrollado programas para apoyar a jóvenes emprendedores entre 18 y 30 años.

En su trayectoria, FIA ha promovido la difusión de información referente a la innovación en el sector, tanto generada por la Fundación, como por otros actores del ecosistema innovador. Destaca la creación de la plataforma OPIA, primer observatorio de innovación agraria de Latinoamérica para incentivar la innovación y establecer redes de personas que compartan y aporten sus conocimientos.

A partir del 2018 la institución comenzó un proceso de modernización institucional, que buscó orientar la misión como institución para conducir de mejor modo las acciones hacia la ciudadanía; y se implementó una nueva estructura de gestión territorial que representara a la institución en las regiones. A través de un diseño de macrozonas, se promueve una gestión desde y para los territorios, vinculándose con las necesidades de innovación de la pequeña y mediana agricultura.

Durante 25 años de historia, la Fundación para la Innovación Agraria ha contribuido en la promoción y desarrollo de una cultura de la innovación en el sector silvoagropecuario nacional y/o la cadena agroalimentaria asociada, que permita fortalecer la competitividad.